La vaccination contre les rotavirus face à la diversité des souches
Plusieurs souches de rotavirus circulent en France1
Il existe une grande diversité de souches de rotavirus en circulation dans le monde2.
En France, plusieurs souches circulent et sont responsables chaque année d’une épidémie de gastro-entérites aiguës représentant un lourd fardeau chez les nourrissons et les jeunes enfants : environ 57 000 consultations en médecine générale et environ 20 000 hospitalisations chaque année en France métropolitaine chez les enfants de moins de 3 ans (estimations à partir des données du réseau Sentinelles et du PMSI)1.
Les six souches de rotavirus détectées majoritairement en France entre 2006 et 2021 sont : G1P[8], G9P[8], G3P[8], G2P[4], G4P[8] et G12P[8]1.
La surveillance des souches de rotavirus a mis en évidence une forte variabilité géographique et temporelle : une souche de rotavirus peut être présente dans des proportions différentes d’une région géographique à une autre et ces proportions peuvent évoluer d’une année sur l’autre1,3,4.
Il arrive ainsi que des souches prennent le pas sur d’autres selon les régions géographiques et les années1. Le génotype G2P[4] a par exemple fait une nette percée en France lors de la saison épidémique 2020-2021 et a atteint son plus haut niveau depuis vingt ans1. Il représentait environ 23 % des souches en circulation au cours de la saison 2020-20211.
Il arrive également que de nouvelles souches émergent et prennent de l’ampleur1. A titre d’exemple, le pourcentage de détection du génotype G12P[8] en France a été multiplié par plus de 4 entre son apparition lors de la saison 2011-2012 et la saison 2019-20201,5. Si un net recul a été constaté sur la saison 2020-2021, cette souche reste toutefois à surveiller1.
Le génotype G9P[8] a quant à lui brutalement émergé lors de la saison 2004-2005, durant laquelle il a été détecté dans 65% des cas1. Il a ensuite connu une phase de recul, puis une phase de réapparition avec des taux élevés sur plusieurs saisons avant de connaître une nouvelle régression1. Cette souche a été de nouveau la souche la plus circulante lors de la saison 2020-2021 (43,3% de détection)1.
En savoir plus sur la diversité et la classification des souches de rotavirus
Les infections à rotavirus chez l’Homme sont essentiellement dues aux rotavirus du groupe A et beaucoup plus rarement par des rotavirus des groupes B et C2,6. On distingue au total sept groupes de rotavirus distincts nommés de A à G : les rotavirus des sept groupes peuvent infecter des animaux mais seuls ceux des groupes A, B et C peuvent être à l’origine d’infections humaines2,6.
Les différentes souches de rotavirus du groupe A sont définis en utilisant les lettres P et G, associées à des numéros (ex. G1P[8]). Cette classification est déterminée en fonction des caractéristiques de deux types de protéines, les protéines VP4 (type P pour protéase sensible) et les protéines VP7 (type G pour glycoprotéine), qui sont présentes sur la couche externe des virus4.
32 génotypes G (G1 à G32) et 47 génotypes P (P[1] à P[47]) ont été identifiés parmi les souches de rotavirus1.D’après un rapport du Haut Conseil de Santé Publique de 2013, les génotypes G les plus couramment retrouvés à l’échelle mondiale sont G1, G2, G3, G4 et G91,4. Les génotypes P les plus fréquents sont quant à eux P[4] et P[8]1,4.
Cette diversité des rotavirus s’explique notamment par :
- la survenue de mutations génétiques successives4 ;
- la transmission directe de souches animales de rotavirus (ex. bovins, porcins) à l’Homme4 ;
- le réassortiment de segments génomiques entre deux rotavirus (deux rotavirus humains ou un rotavirus humain et un rotavirus animal) à l’origine d’un nouveau type de rotavirus4,7.
La vaccination contre les rotavirus en France
Deux vaccins pour la prévention des gastro-entérites à rotavirus sont disponibles en France à ce jour, et ce depuis leur autorisation de mise sur le marché délivrée en 20061.
Ces deux vaccins s’administrent par voie orale1.
Depuis juin 2022, la Haute Autorité de Santé (HAS) recommande la vaccination contre les infections à rotavirus pour tous les nourrissons à partir de l’âge de 6 semaines1. Les vaccins sont pris en charge par l’Assurance Maladie9.
La HAS rappelle que les vaccins à rotavirus ne protègent pas contre les GEA dues à d’autres causes que le rotavirus. La prévention des GEA toutes causes repose sur le maintien des mesures d’hygiène (lavage des mains, nettoyage des surfaces) et l’allaitement maternel, et leur prise en charge consiste en l’administration de solutés de réhydratation orale qui permet de traiter la déshydratation et d’en prévenir les formes sévères.1
L’efficacité des vaccins évaluée dans les essais cliniques randomisés a été confirmée par les données d’efficacité en vie réelle, que ce soit dans la prévention des infections prises en charge en ambulatoire, mais surtout des formes graves d’infections à rotavirus nécessitant une hospitalisation et/ou un passage aux urgences1.
En vie réelle, pour les enfants de moins de 5 ans complètement vaccinés, la vaccination contre les rotavirus diminue d’environ 85 % les cas de gastroentérites liées aux rotavirus et de plus de 80 % les passages aux urgences et hospitalisations dus aux infections à rotavirus8.
Une vaccination largement pratiquée au niveau international1,10
À ce jour, plus de 120 pays ont introduit la vaccination des nourrissons contre les infections à rotavirus dans leur programme de vaccination1. Cette mesure est en vigueur dans certains pays, comme le Canada et les États-Unis, depuis plus de 10 ans1.
Pratique de la vaccination contre les infections à rotavirus dans de nombreux pays du monde1,10
En France, depuis juin 2022, la vaccination contre les infections à rotavirus est recommandée pour tous les nourrissons à partir de l’âge de 6 semaines1.
La HAS souligne l’impact d’une couverture vaccinale élevée1 : Dans les pays ayant atteint une couverture vaccinale supérieure à 80 % chez les nourrissons, la réduction des hospitalisations dues aux gastro-entérites aiguës à rotavirus est importante et varie de 65 à 84 %. On observe également une baisse des infections nosocomiales à rotavirus.
Plusieurs pays, notamment en Europe, présentent des couvertures vaccinales importantes contre les infections à rotavirus1.
Taux de couverture vaccinale contre les rotavirus dans plusieurs pays européens1,10
Références
(1) Haute Autorité de Santé. Recommandation vaccinale contre les infections à rotavirus. Juin 2022.
(2) Anses. Rotavirus – Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments. Avril 2012.
(3) Académie Nationale de Médecine. Les virus des gastroentérites en France et en Europe. Disponible en ligne : https://www.academie-medecine.fr/les-virus-des-gastroenterites-en-france-et-en-europe/ (Consulté le 17 janvier 2023).
(4) Haut Conseil de la Santé Publique. Vaccination des nourrissons contre les infections à rotavirus – Recommandations. Rapport. 29 novembre 2013.
(5) Centre National de Référence des Virus Entériques. Rapport annuel d’activités – Année d’exercice 2020. 2021.
(6) Afssa. Bilan des connaissances relatives aux virus transmissibles à l’homme par voie orale. Février 2007.
(7) Gault E, Garbarg-Chenon A. Épidémiologie moléculaire des rotavirus. Revue Française des Laboratoires. Février-Mars 2000. 320(2000):55-62.
(8) Ministère de la Santé et de la Prévention, AFPA. La vaccination du nourrisson contre les rotavirus. Novembre 2022
(9) Assurance Maladie. Prévenir le risque d’infections à rotavirus chez le nourrisson : 2 nouveaux vaccins remboursés. 2 décembre 2022. En ligne : https://www.ameli.fr/exercice-coordonne/actualites/prevenir-le-risque-d-infections-rotavirus-chez-le-nourrisson-2-nouveaux-vaccins-rembourses (Consulté le 17 janvier 2023).
(10) ROTA Council. Vaccination introduction – Global Introduction Status. En ligne : https://preventrotavirus.org/vaccine-introduction/global-introduction-status/ (Consulté le 17 janvier 2023).
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